In pieno centro storico, si mostra come un edificio imponente dalla facciata cinquecentesca a capanna, coronata da archetti pensili trilobati in cotto e preceduta da un nartece settecentesco. Sul fianco settentrionale, un bassorilievo con croce astile reca la data 1521, testimonianza dei grandi lavori di ristrutturazione che coinvolsero l’antica chiesa medievale. Altre targhe medievali sono murate sulla facciata e sul lato meridionale dell'edificio. Una, datata 1252, recita “Ogerius de Boretius fecit hoc opus” (Ogerio di Boarezzo realizzò quest’opera) e si riferisce forse alla basilica medievale, costruita nel 1252 sulla precedente, oppure alla costruzione della cappella di san Quirico (attuale cappella del Sacro Cuore), sorta nel secolo XIII. L’altra targa, sulla facciata, recita: MCCLVI d(e)p(ositus) Ardric(us) de Peracio de Arcisate iacet et iud(icavit) lib(er) pro iud(ice) anuale; in pratica, Arderico di Peracio di Arcisate, sepolto nella Basilica, lasciò a questa alcuni suoi beni per la celebrazione di un officio annuale in suffragio della sua anima.
I lavori di restauro esterni (2020-2021) hanno permesso di recuperare la luminosità delle pareti e di rimettere in evidenza le diverse decorazioni.
Appartenente alla basilica medievale è lo slanciato campanile di 35 metri di altezza. Evidente l'impianto romanico, con specchiature corrispondenti alla suddivisione in piani, decorate da archetti pensili, e le aperture a monofora. Nel XVIII secolo si eseguì il rialzo della cella campanaria. L'attuale concerto di cinque campane in Sib2 crescente, della fonderia Felice Bianchi di Bizzozero, venne installato nel 1847. I lavori di consolidamento e risanamento del 2013 hanno portato alla scoperta di alcune sepolture di epoca romana alla base della torre. Nel 2021 è stata ricostruita l'antica meridiana sul lato meridionale grazie al supporto di immagini storiche.
L’interno della basilica si presenta diviso in tre navate con campate voltate a crociera e tracce di affreschi del XVI-XVII secolo. Nel presbiterio sono murate due lapidi paleocristiane rinvenute dal prevosto don Pietro Antonio Alemagna durante i lavori di ricostruzione dell’altare maggiore, nel 1745. Le due lapidi risalgono probabilmente al V secolo d.C. e sono di fondamentale importanza: vengono infatti citati prete Paolo e prete Costanzo, segno della presenza di una comunità cristiana in epoca tardoimperiale. Degni di nota i due altari laterali barocchi, la Madonna del Rosario e la Crocefissione, acquistati nei primi anni del XIX secolo dal prevosto don Carlo Candiani e appartenuti al cardinale Benedetto Odescalchi, che sarebbe poi diventato Papa con il nome di Innocenzo XI. In testa alla navata sinistra, si trova l’altare della Madonna delle Grazie . La pala d’altare è un dipinto tardo settecentesco della Vergine con il Bambino e San Giovannino, ed è incorniciata da teche in cui sono esposti diversi ex voto. Il primo altare della navata destra, invece, è dedicato al patrono San Vittore, del quale è esposta una statua. Ai piedi dell’altare si trova una figura di cera che rappresenta la martire romana Felicissima, i cui resti, insieme a una lapide paleocristiana, furono rinvenuti all’interno dell’altare del Crocifisso.
Nel 2019, l’esigenza di realizzare un impianto di riscaldamento a pavimento rese necessaria l’asportazione della copertura di piastrelle quadrate in graniglia, risalenti a inizio ’900, con conseguente indagine archeologica.
Le strutture murarie portate alla luce nella campagna di scavi sono riferibili a un edificio di culto coevo al campanile della basilica, oggetto di recenti studi e datato all’XI secolo. Una serie di sondaggi ha permesso di accertare la presenza di strutture più antiche, probabilmente paleocristiane.
La chiesa dell’XI secolo aveva dimensioni simili alla basilica attuale, realizzata tra le fine del XV e l’inizio del XVI secolo (tratti delle pareti nord e sud della basilica inglobano le mura medievali). Non è emerso il tracciato della facciata, perché probabilmente si trova al di sotto del sagrato. Quasi in corrispondenza dell’abside attuale è emerso l’emiciclo dell’XI secolo. Si presume quindi che i lavori di rinnovo della basilica abbiano allungato l’edificio verso l’abside e ne abbiano arretrato la facciata.
Nelle due navate laterali sono state rinvenute circa 30 sepolture, si presume coeve o di poco posteriori alla basilica medievale. Nella navata centrale è invece emersa la base del pavimento in cocciopesto (presbiterio) e malta (aula). Inoltre, è stato riportato in vista qualche lacerto della pavimentazione dell’XI secolo in pietre bianche e nere. Si pensa che le pietre bianche siano materiali di spoglio di epoca romana.
Tra le navate è risultato esserci un setto murario divisorio, di cui è visibile la decorazione con motivi geometrici; tuttavia, non si conosce l’altezza né l’effettiva funzione di tale setto murario.
Circa a metà della navata centrale sono emerse tracce di una breve scalinata che immetteva al presbiterio che, anticamente, era molto più allungato di quello attuale.
I reperti archeologici sono stati ricoperti, protetti e preservati mediante speciali accorgimenti, in modo da agevolare eventuali indagini future.