Le origini della Comunità Cristiana di Arcisate si fanno risalire ai primi secoli di evangelizzazione, in particolare il primo luogo di culto, secondo la tradizione, fu edificato al tempo del Vescovo san Materno. Una lapide conservata nel presbiterio della Basilica ci ricorda che nel IV secolo era già presente un presbitero con la sua comunità.

Per quanto riguarda la storia del Capitolo non abbiamo documenti che ne provino la prima costituzione; è certo che da uno scritto dell’ Arcivescovo Arnolfo III la Chiesa di Arcisate era Collegiata sin dal 1095.

Negli atti della Chiesa Milanese (tom. 4) si legge che il Prevosto di Arcisate sedeva sopra il Capitolo di Varese e sopra tutte le Collegiate della Terza Regione; senza dubbio tale preminenza era dovuta ad Arcisate per la sola ragione dell’ antichità.

Grande fu poi la sua influenza per tutto il Medioevo; i Canonici Ordinari della Metropolitana erano chiamati signori di Arcisate in una bolla di Papa Eugenio scritta nel 1149.

La Chiesa Collegiata contava allora ben 24 Canonici nell’ Ordine Gerarchico di preti, diaconi e suddiaconi ed era plebana di 38 chiese; tra cui quella di Ganna.

San Carlo Borromeo nel 1567 troṿ nella Collegiata 18 Canonici oltre il Prevosto; ne ridusse il numero a 8 e dispose che i Canonici si trovassero due volte al giorno in Coro. Istitú inoltre un canonicato scolastico per l’ istruzione dei fanciulli e stabiĺ che uno dei Canonici coadiuvasse stabilmente il Prevosto per la cura delle anime.

A seguito degli interventi napoleonici, il Capitolo di Arcisate fu soppresso con Decreto nel 1810, anche se il Capitolo continụ le sue attività sino al 1850 circa.

Su interessamento del Prevosto don Cesare Bartoli, il Venerando Capitolo fu ripristinato nel 1952 dal Beato cardinal Schuster (decreto Arcivescovile 8 dicembre 1952) che ne emanava anche gli Statuti.